ณ ค่ำคืนหนึ่งเมื่อ 20 ที่แล้ว ขณะที่เปลวเพลิงโหมกระหน่ำโบสถ์ Garreg Mach อัศวินนายหนึ่งได้พาลูกชายที่ยังเป็นทารกหลบหนีออกมา เขาละทิ้งทุกอย่างและใช้ชีวิตอยู่ ณ ที่ที่ห่างไกล ราวกับต้องการหนีจากอะไรบางอย่างที่นั่นให้ไกลที่สุด เด็กน้อยผู้นั้นเติบโตเป็นนักดาบหนุ่ม หน้าตาดี มีความสามารถ แต่แปลกที่เขามักมีสีหน้าและแววตาเย็นชา ราวกับไม่มีอารมณ์หรือความรู้สึกใดๆเลย เขามีชื่อว่า Byleth และราวกับโชคชะตาเล่นตลก...

หลังจากที่ถูกเพื่อนเก่าเกลี่ยกล่อมอยู่นาน พ่อของเขายอมใจอ่อนกลับไปรับตำแหน่งอัศวินที่นั่น ทำให้ Byleth มีอันต้องผันตัวเองจากทหารรับจ้างมาเป็นอาจารย์สอนการต่อสู้ในวิทยาลัยที่เป็นส่วนหนึ่งของโบสถ์ วิทยาลัยแห่งนั้นเป็นสถานศึกษาของบรรดาลูกๆขุนนางชั้นสูงทั้งหลาย และนักเรียนจะถูกแบ่งออกเป็น 3 บ้าน คือ Black Eagles, Blue Lions และ Golden Deer

Byleth ใช้ชีวิตที่นั่นอย่างสงบสุขโดยที่ไม่รู้เลยว่า เขากำลังจะได้ค้นพบความจริงที่ไม่เคยได้รู้เกี่ยวกับตัวเขา ทั้งเรื่องเหตุเพลิงไหม้เมื่อ 20 ปีก่อน และความลับที่ Archbishop เก็บงำมาตลอด 20 ปี

นอกจากนี้ ปริศนาต่างๆ ไม่ว่าจะเป็นเรื่อง

เด็กสาวประหลาดบนบัลลังก์ที่มักปรากฏตัวในความฝันของเขา

นักรบหน้ากากหัวกะโหลกยามราตรี และคดีเด็กหาย

ชุมชนลับใต้โบสถ์

ดาบที่ทำจากกระดูกของเทพี และ เด็กทารกที่เติบโตมาโดยไม่มีสัญญาณชีพจร

ทั้งหมดนี้ Byleth และเหล่านักเรียนของเขา กำลังเป็นผู้ร่วมกันหาคำตอบ

(Byleth และตัวละครต่างๆ รวมถึงเค้าโครงเรื่องดัดแปลงมาจากเกมส์ Fire Emblem: Three Houses)